Medusa era in origine una bellissima vergine. Lavorava al servizio della dea Atena e si era impegnata a rinunciare alla lussuria. In questo modo, rimase "pura" e poté diventare sacerdotessa nel tempio di Atena.

Viveva in alto a nord e lì custodiva l'ingresso dell'Ade. Purtroppo, però, lì non si vedeva mai il sole. Grazie ai suoi frequenti contatti con i defunti, Medusa venne a conoscenza della bellezza e del potere del sole e desiderava disperatamente vederlo. Atena si rifiutò di permetterglielo.

La sua bellezza attirò l'attenzione di Poseidone, che la desiderava.

Ma senza permesso, Medusa partì per il sud. Lì incontrò Poseidone, il dio del mare, e i due intrapresero un'appassionata storia d'amore. Tuttavia, i due scelsero un tempio dedicato ad Atena per la loro storia d'amore.

Atena si infuriò a tal punto da trasformare Medusa nella creatura che conosciamo: un mostro particolarmente noto per i suoi capelli di serpente che si contorcevano e per il suo sguardo. Aveva il corpo di una donna, denti come le zanne di un cinghiale e occhi luminosi.

La storia di Perseo ci dice che nel suo tentativo di conquistare la testa di Medusa fu protetto e guidato soprattutto da Atena.

Fu lei che gli ordinò di procedere contro Medusa in modo da non vedere il suo volto, ma solo il suo riflesso nello scudo nudo. Questo permise a Perseo di guardare la testa di Medusa senza doverla guardare in faccia. Tagliò la testa con la falce che aveva ricevuto in dono da Atena, Ermes o Efesto.

Dal collo di Medusa scaturì il destriero alato Pegaso. Ma non fu solo il destriero a nascere da lei. Allo stesso modo, con lui nacque anche il gigante Crisaore, l'eroe noto come "quello dalla spada d'oro".
Da allora, Atena portò la testa di Medusa come simbolo dello scudo o sulla corazza, come protezione speciale sul suo scudo; in seguito divenne nota come Gorgoneion.